陈奇瑜总督五省
二月，朝廷晋升陈奇瑜为延绥巡抚、兵部右侍郎，赋予他总督陕西、山西、河南、湖广、四川五地军务的重任。
陈奇瑜根据流贼动向，灵活采取剿灭或招抚的策略。
在此之前，流贼势力已经扩散至陕西、山西、湖北、湖南和河南等多地，流动性极强，没有固定驻地。
朝廷内部讨论认为，由于各地镇守官员权限不统一，往往互相观望不前，应当派遣一位重臣开设督府，统一指挥各路兵马共同对抗流贼。
皇帝采纳了这个建议，经过集体商议，考虑到洪承畴在陕西三边地区的重要性，不宜轻易调动，因此最终任命陈奇瑜当此重任。
李自成降叛不常
洪承畴以其卓越的军事才能，率领曹文绍、曹变蛟、贺人龙等人，在宁塞、西安、延北、西濠、庄浪等地多次击败起贼寇，斩杀了包括神一魁在内的众多贼寇领，并成功招降了中斗星等人，前后取得了很多剿匪成果。
因此，张献忠与延安贼寇领李自成被迫撤退至盩鄠地区。
六月，陈奇瑜在汉中车厢峡包围了李自成贼军，适逢连续四十天大雨，双方武器装备受损，贼军马匹缺乏草料，死亡过半，李自成陷入极其困境，只得自我捆绑请求投降。
陈奇瑜接受了投降，并给予他们免死牌籍。
七月七日辛卯，贼军抵达凤翔，声称持有督抚布的檄文要求进城安置，凤翔守城官员识破其诡计，拒绝开启城门，要求只能通过绳索吊上城楼，批登上城楼的三十六人名贼寇被尽数斩杀。
陈奇瑜借此为由，弹劾当地官员妨碍招抚大局。
皇帝下令锦衣卫逮捕了宝鸡知县李嘉彦、凤翔乡绅孙鹏等五十多人，并将他们投入监狱。
李自成攻陷登城，围攻合阳门，洪承畴率军赶到解除了围困，随后贼军转向进攻平凉、邠州。
八月，李自成攻陷咸阳，杀害了知县赵济昌。
官军到达后，贼军丢弃金银财物引诱官军，趁机向西撤离，屯驻在干州。
官府试图招降，但贼军不予理会。
之后贼军又攻占了陇州，每到一处迅裹挟百姓，选拔精壮男子为贼军前驱，吸收妇女老弱以必要时引诱抵挡官军。
因此诸多官员动不动就称斩杀级报捷的消息并未真正削弱贼军的实力。
陈奇瑜上报招降了一万三千余名贼军。
此前，大量的贼军被洪承畴逼迫逃往汉中地区。
