二月，起义军攻陷兴山；壬申日，他们进入瞿塘，攻占夔州。
三月，四川军队在巴州击败了贼军。
贼军被困在巴蜀西部地区的险要位置，缺粮少食，于是选择向陈奇瑜投降。
陈奇瑜下令贼军各部仍保有器械兵甲，派出官员监督投降贼军，并通知沿途郡县准备粮食供应给投降的贼军。
但实际上，大部分贼军并不是真心投降，况且也没有遭受重创，他们只是因为饥饿疲惫被困在险要地形中无法施展，一旦脱离险境，渐渐难以约束，重新开始劫掠，所到之处商业活动停止。
贼军杀害了五十名监视他们的官员，进而攻陷麟游、永寿，形势愈严峻。
这是当年八月的事。
闰八月，陈奇瑜抵达凤县时，贼军势力更为壮大，其活动范围北接庆阳，西至巩昌，西北延伸至邠州、长安，西南至盩鄠、宝鸡，总兵力近二十万人。
陈奇瑜意识到自己被贼军欺骗，急于分兵抵御，却现兵力已然不足。
九月，贼军相继攻陷灵台、崇信、白水、泾州，并再次攻占扶风。
洪承畴派遣总兵左光先等人支援陇州的贺人龙，终于解除了围困。
十月，左光先在高陵、富平一带与李自成交战，斩四百余人，李自成假意向官军求和，真宁知县王家求轻信了这一消息，出城进行招抚，结果被杀失印。
甲寅日，陕西巡按傅永淳上奏朝廷说：“汉南地区的投降贼军再次攻城略地，造成各地动荡不安，这一切都源于陈奇瑜过于依赖招降政策，认定贼军已经改邪归正，不允许沿途盘查审讯。
因此，各地官员不敢过问，敞开城门接纳，结果招降与剿灭两者均受影响，这些都是陈奇瑜政策带来的恶劣影响。”
山西巡抚吴牲也表示：“招安流寇必须慎之又慎，因为他们狼子野心，难以驯服，何况边远地区贫瘠荒凉，居住条件艰苦，食物匮乏，仅仅承诺免死，并不能让他们真心归顺，难道他们真的就能甘心情愿地改变初衷吗？”
皇帝鉴于陕西地区盗匪猖獗，下令逮捕了巡抚练国事，改命李乔为陕西巡抚。
十一月，撤销了总督陈奇瑜的职务，让其等待审查。
十二月，晋升洪承畴为兵部尚书，总督河南、山西、陕西、湖广、保定、真定等地军务，同时继续担任三边总督。
贼军自缚乞降，说明已经极其困难了。
此时就算不立即消灭敌人，也应该分化妥善安置，但却放免死牌留下了后患，这样的做法显然并非明智之举，难怪舆论哗然。
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